ご注文受付票記載のファイル数よりも注文したファイル数が合わない場合、特殊なケースとして次のケースが考えられます。

たとえば、下記のようなファイルをアップしていたとします。

2005_2_21.JPG
2005_2_21.jpg

ファイル名の違いは、拡張子jpg、JPGの違いです。
たぶん同じ画像なのでしょうが、別々のフォルダに保存し、同時にアップロードしたものと思われます。

これはサーバー上では別々の２個のファイルとして認識されますが、WindowsでFFFTPでダウンロードすると、英数字の大文字小文字を同一視するため、同じファイル名として認識され上書きされてしまいます。

事実、現バージョンのFFFTPで試してみると「上書き確認ダイアログ」も表示されず、無条件に上書きされてしまいました。「上書き確認ダイアログ」が出れば気づくのですが...